Su misión es conservar el patrimonio natural del archipiélago de Juan Fernández e islas Desventuradas, desarrollar y promover la investigación científica en este territorio especial, y conservar la cultura isleña.
Para ello, Fundación Endémica trabaja en cuatro pilares:
- Investigación: Fomentar y promover la investigación científica en el territorio.
- Conservación: Programas de preservación y conservación marina y terrestre.
- Cultura: Recopilación, rescate y puesta en valor del patrimonio cultural isleño.
- Voluntariado: Redes de voluntarios y apoyo al voluntariado local.
